این مسجد از نظر شیوه معماری و تزئینات از مساجد بسیار زیبای استان آذربایجان شرقی محسوب می شود. از ضمائم مسجد جامع اهر لوح هایی بر بالای سردر و پایه سمت راست و ۵ گل مشروحه در لچک های سردر است و دارای ۲۱ گنبد که در دوره های مختلف به تعداد آن ها افزوده شده است. این اثر در تاریخ ۷ مهر ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۶۱۵۳ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.