وضعیت ناگوار مرمت گنبدهای تاریخی شهر اصفهان به گنبد مسجد امام (ره) نیز رسید و این بار نوبت این گنبد صفوی شد تا پس از مرمت شرایط بدی را داشته باشد.

مرمت و احیای گنبدهای اصفهان که سال ها با چالش مواجه شده بود بعد از ۱۱ سال در فاز جدید مرمت که شامل اعوجاج در گند مسجد امام (ره) و تغییر رنگ در مسجد شیخ لطف الله باعث شکلی نامتقارن از گنبد در هر دو بنا شده است.