علت اصلی بروز عفونت های مختلف در ادرار کودکان ورود باکتری به دستگاه ادراری و تکثیر آن است. این باکتری ها در اغلب موارد از روده و به کمک مدفوع وارد دستگاه ادراری کودکان یا نوزادان می شوند که در این صورت دستگاه ادراری آلوده خواهد شد.

از طرف دیگر کودکانی که با معضل یبوست دست وپنجه نرم می کنند در معرض خطر ابتلا به عفونت ادراری قرار دارند. اما علت عفونت های ادراری در نوزادان و کودکان تنها در همین دو عامل خلاصه نمی شود. رفلاکس ادرار می تواند عامل دیگری در بروز این عارضه به شمار بیاید.